השום הוא צמח עוצמתי לכן אכילה שלו גורמת להפרשת ריח חזק ולא נעים ממערכת הנשימה ומהעור, כשגם תחושת אי נוחות בבטן והתפחות אלרגיה יכולה להיווצר לאחר אכילת הצמח. כמו כן סגולות הצמח הכוללות הפחתת לחץ דם והורדת רמות סוכר בדם מצריכות זהירות בשימוש בו בקרב הנוטלים תרופות להורדת לחץ דם ולאיזון סוכר.כמו כן, יש להיזהר בשימוש בשום בעת התפתחות כיבים דלקתיים במערכת העיכול.

הריון: ניתן להשתמש בצמח בזמן הריון והנקה.